В компании внедрена система менеджмента качества, соответствующая российским и международным стандартам: ГОСТ Р ИСО 9001, ГОСТ ISO 13485, ISO 9001, ISO 13485; продукция сертифицирована на соответствие Европейской директиве о медицинских изделиях MDD 93/42/EEC (имеет маркировку CE).

Являясь компанией полного цикла, НИПК «Электрон» контролирует качество выпускаемой продукции на всех этапах: от разработки до сервисного обслуживания. 

С 2004 года система менеджмента качества компании сертифицирована на соответствие международному стандарту ISO 9001 и российскому стандарту ГОСТ Р ИСО 9001.

С 2007 года система менеджмента качества компании сертифицирована на соответствие требованиям международного стандарта ISO 13485, а с 2011 года - требованиям российского стандарта ГОСТ ISO 13485.

Наличие сертифицированной системы менеджмента качества подтверждается на ежегодных аудитах, проводимых нотифицированным сертификационным органом SGS.